這一時期，北京林業大學始終堅持社會主義的辦學方向，堅持規模、質量、結構、特色、效益協調發展的方針，堅持走內涵與外延相結合的發展道路。二十世紀九十年代中期，學校著重調整辦學結構和辦學層次，重點提高教育教學質量，在學科建設、人才培養、科學研究和科技成果轉化等方面取得顯著成就，辦學水平和辦學實力有了很大提高，實現了跨越式發展

十年中，學校搶抓機遇，實現快速發展：一是抓住國家啟動“211工程”建設的機遇，被國家列為首批“211工程”重點建設高校；二是抓住了國家深化人才培養模式改革的機遇，在1996年使學校的生物學專業成為國家理科基地專業；三是抓住國家面向21世紀教育振興行動計劃的機遇，使學校于1999年成為首批行動計劃建設的22所高校之一；四是抓住高校管理體制改革的契機和高校擴大規模招生的機遇，學校2000年劃歸教育部直屬管理，實行教育部、國家林業局的聯合共建管理體制，并連續兩年擴招，使在校生數量于2001年底突破萬人。五是2000年試辦研究生院，2004年通過國務院學位辦評估正式成立研究生院，成為全國56所建有研究生院的高校之一。（A19）