福建衛生職業技術學院是2005年5月福建省政府批準，經國家教育部備案，在原福建衛生學校和福州衛生學校的辦學基礎上合并成立的。在幾十年的辦學歷程中，學校先后吸納了福州醫士學校、南安中藥材學校、福州助產學校、福建育才衛生學校的辦學資源，現已發展成一所培養護理、藥學、醫學以及醫學相關類醫藥衛生人才的高等職業院校，隸屬福建省衛生廳。近年來，學校努力實踐“業精德誠”的校訓，抓住機遇，深化改革，學院發展取得了歷史性的跨越。
福建衛生學校創建于1954年，為全國重點衛生中專學校，是我省最早的藥學和醫學檢驗技術人才培養基地。福州衛生學校的辦學歷史可追溯到創建于1912年的福州（美國）馬高愛醫院護士學校，為我省培養了一大批護理業務骨干和護理管理人才，并在全省職業院校中首先開辦醫學影像技術專業。
為適應社會經濟和醫學教育發展的新形勢，2002年經省市有關部門協調，達成將福州衛生學校并入福建衛生學校，通過土地置換，籌措資金，遷址新建，組建高職高專院校的多贏方案。2005年10月學院建成并投入實用。學校占地面積537畝，建筑面積11.1萬平方米，現有800元以上教學儀器設備總值2383.78萬元，圖書館藏書26.49萬冊。目前學校共有教職工313人，其中專任教師210人，副高以上職稱91人，博士、碩士49人，雙師素質教師98人。全日制高職在校生3626人。五十多年來，為社會培養了近3萬名畢業生。
學院設有護理系、藥學系、臨床醫學系、檢驗影像系和醫學基礎部、公共基礎部6個系部，擁有福建省婦幼保健院和福建省級機關醫院兩所附屬醫院。開設有護理、助產、藥學、醫藥營銷、臨床醫學、醫學檢驗技術、醫學影像技術、口腔醫學技術、藥物制劑技術、藥物分析技術、生物制藥技術、衛生檢驗與檢疫技術、衛生信息管理、公共衛生管理等14個專業，形成了護理、藥學、醫學、醫學相關類四個專業群。護理專業被評為福建省高等職業教育精品專業，藥劑學、藥理學、基礎護理學被評為省級精品課程。
學院堅持以服務為宗旨，以就業為導向，培養服務經濟社會發展和海峽西岸經濟區建設需要的，具備必要的理論、較強實踐能力和良好職業道德的高素質技能型醫藥衛生人才。抓住職業教育的根本目標，積極開展教育教學改革與創新，提出了“小課堂授業，大課堂育人”的人才培養模式。小課堂授業重在培養職業能力，大課堂育人重在強化職業道德。
學院重視實訓實習基地建設，除兩所附屬醫院外，還有福建省立醫院、福州市第一醫院等5所教學醫院和141個校外實習實訓基地。建立了護理、藥學、臨床醫學、醫學檢驗、醫學影像、口腔醫學、基礎醫學、文化基礎等校內八個實訓基地。藥學實訓基地為中央財政支持實訓基地，護理實訓基地為省級高等職業教育實訓基地。學院還被省科協、省委宣傳部確認為“福建省科普教育基地”。為了強化學生的職業技能，學院制定與實施了護理、助產、藥學、醫學檢驗技術、醫學影像技術5個專業職業技能測試標準，開創了實踐教學的新路子，提高了人才培養質量。此外，作為省鄉村醫生培訓中心和省鄉鎮衛生院衛生技術人員培訓中心，每年培訓基層衛生技術人員3萬多人次，已成為我省基層衛生技術人員培訓重要基地。
近年來，學院教師主持或參與各級、各類科研項目59項（其中國家級2項、省級11項、校級46項），在全國各級學術刊物上發表論文195篇，主編或參編教材42部。獲經貿部第七屆全國發明展覽會金杯獎1項，獲省科技進步三等獎1項，完成科研成果轉讓1項，入選第六屆中國海峽項目成果交易會參展成果1項，向國家藥監局申請臨床批件1項，入選省衛生廳青年科研課題資助計劃4項，還承擔完成了衛生部《全國高職高專教育藥學專業設置標準》的研究制定工作。
九十年代以來，學院獲得省、市級各類榮譽四十多項，先后被授予“省直機關先進基層黨組織”、“廳直機關先進基層黨組織”、“全省衛生系統先進單位”、“全省衛生系統創文明行業工作先進單位”、“平安校園”等榮譽稱號。
傳承歷史，再創輝煌。面對高等職業教育蓬勃發展的大好機遇，學院實施“小課堂授業，大課堂育人”的人才培養工程，堅持“強內涵，創特色，樹品牌，爭一流”的辦學理念，秉承“業精德誠”的校訓，加強內涵建設、深化改革、規范管理，努力提高人才培養工作水平，爭取早日將學院建成一所省內一流、國內領先的示范性高職院校，建設成為海峽西岸經濟區醫藥衛生人才的重要培訓基地，為海峽西岸經濟區建設做出新的貢獻。